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Für eine erfolgreiche Fischereipolitik braucht die Bundesregierung wissenschaftliche Entscheidungshilfen. Diese erhält sie von dem zum Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) gehörenden Johann Heinrich von Thünen-Institut, Bundesforschungsinstitut für Ländliche Räume, Wald und Fischerei. Für den Bereich der Fischerei gehören zu ihm die Institute für Seefischerei und Fischereiökologie in Bremerhaven sowie das Institut für Ostseefischerei in Rostock.
Das Johann Heinrich von Thünen-Institut führt im Bereich der Fischerei im Verbund der europäischen Fischereiforschungsinstitute eigene Forschungsarbeiten zur biologischen Überwachung und nachhaltigen Bewirtschaftung lebender Meeresressourcen (Fische, Krebs- und Weichtiere) durch und befasst sich mit Fragen zur Erhaltung und zum Schutz von Meeressäugern und Vögeln. Die Verbreitung und Wirkung von Schadstoffen im Meer und die Auswirkungen der Aquakultur auf die Gewässer und ihre Lebensgemeinschaften sind weitere Arbeitsbereiche. Auf dem Gebiet des Verbraucherschutzes werden Fische und Fischereierzeugnisse in einem integrierten Ansatz auf verschiedenen Stufen der Produktionskette ("vom Fang zum Verbraucher") untersucht. Ein weiterer wichtiger Aufgabenbereich ist die Entwicklung bestandsschonender, selektiver und energiesparender Fangmethoden. Auf der Basis der eigenen wissenschaftlichen Arbeiten berät das Institut das BMEL insbesondere im Hinblick auf die Gemeinsame Fischereipolitik (GFP) der EU und nimmt an internationaler wissenschaftlicher Forschungskooperation und -koordination teil. Das Thünen-Institut erledigt darüber hinaus gesetzliche Aufgaben im Rahmen der GFP und als Leitstelle für Umweltradioaktivität. Bei der Arbeit auf See bedient sich das Johann Heinrich von Thünen-Institut der Fischereiforschungsschiffe "Walther Herwig III", "Solea" und "Clupea", die von der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung, Hamburg, bereedert werden. Unter der Internetadresse www.thuenen.de können alle Informationen bei den Fischerei-Instituten insbesondere über
abgerufen werden.
Das Institut für Seefischerei erforscht und überwacht die Fischbestände im EU-Meer (Nordsee und Gewässer westlich der Britischen Inseln), sowie in den von der deutschen Fernfischerei genutzten Gebieten des Nordatlantik. Ziel der Arbeiten ist es, die Nutzung der lebenden Meeresressourcen an den Kriterien der Nachhaltigkeit und Ökosystemverträglichkeit auszurichten und damit zum langfristigen Erhalt einer ökologisch und ökonomisch stabilen Fischerei sowie zur dauerhaften Versorgung der Bevölkerung mit dem Lebensmittel "Meeresfisch" beizutragen.
Das Institut für Fischereiökologie betreibt Fischereiforschung im Bereich der Meeresumwelt, ist auf dem Gebiet des ökologischen Monitorings tätig und widmet sich insbesondere der Untersuchung mariner Organismen (Biota). Das beinhaltet Forschung in den Gebieten Radioökologie, Schadstoffanalytik, Ökotoxikologie, Fischkrankheiten, Aquakultur und Binnenfischerei. Das IFÖ untersucht die Auswirkungen natürlicher und anthropogener Faktoren auf die Schadstoffbelastung der Fische, deren Gesundheitszustand und Reproduktionsfähigkeit, die genetische Diversität von Populationen sowie die ökologischen Auswirkungen der Aquakultur.
Das Institut für Ostseefischerei liefert den wesentlichen deutschen Beitrag zu den internationalen Bemühungen um die Erhaltung und verantwortungsvolle Nutzung der Fischereiressourcen der Ostsee. Neben der kontinuierlichen Beobachtung der Entwicklung der Populationen der wichtigsten von der Fischerei genutzten Fischarten Dorsch, Hering, Sprotte, Flunder, Steinbutt, Kliesche, Aal und Zander werden für einige dieser Arten auch ihre Beziehungen zu bestimmten Umweltparametern während unterschiedlicher Lebensphasen untersucht. Ebenso werden auch Beziehungen von Fischarten untereinander und die Einwirkungen der Fischerei auf die Fischbestände beforscht.
Der Forschungsbereich "Fischqualität" gehörte seit dem 1. Januar 2004 zur neu gegründeten Bundesforschungsanstalt für Ernährung und Lebensmittel, dessen Nachfolge seit 1. Januar 2008 das Max Rubner-Institut, Bundesforschungsinstitut für Ernährung und Lebensmittel, angetreten hat.
Forschungsgegenstand des Bereichs "Fischqualität" sind alle für die menschliche und tierische Ernährung verwendeten Fische, Krebse und Weichtiere auf allen Be- und Verarbeitungsstufen. Die Bandbreite reicht von Untersuchungen an lebendfrischer Rohware unmittelbar nach dem Fang an Bord bis hin zu verzehrfähig zubereiteten Fertigerzeugnissen und schließt auch Fischmehl ein. Fragestellungen aus den Bereichen "Lebensmittelsicherheit und -qualität", "Lebensmittelrecht" sowie "Verbraucherschutz" werden in einem integrierten Ansatz mit Methoden der Lebensmittelchemie, analytischen Chemie, Biochemie, Physik und Mikrobiologie bearbeitet.