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Die nach wie vor wichtigste Maßnahme zur Bewirtschaftung der Fischbestände ist die jährliche Festsetzung von Gesamtfangmengen (der Total Allowable Catches oder kurz TACs genannt) und deren Aufteilung in nationale Quoten nach dem Grundsatz der sog. relativen Stabilität, d.h. nach festen Quotenschlüsseln. Ziel der Bundesregierung ist eine strikte Ausrichtung der TACs an den wissenschaftlichen Empfehlungen des Internationalen Rates für Meeresforschung (ICES) auf der Basis des Vorsorge- und Ökosystemansatzes. Nach der Reform der Gemeinsamen Fischereipolitik (GFP) sind mehrjährige Bewirtschaftungspläne vorgesehen. Langfristig werden zudem Mehrarten-TACs angestrebt. Bei bedrohten Beständen, wie z.B. beim Nordseekabeljau, werden Wiederauffüllungspläne mit drastischen Einschränkungen der Fischerei erlassen.
Als neues Instrument der Ressourcenbewirtschaftung, insbesondere bei bedrohten Beständen, ist die Begrenzung des Fischereiaufwandes, d.h. der Fangkapazität und/oder der Fangtätigkeit, hinzugekommen. Dies ist erforderlich geworden, weil die TACs und Quoten als alleinige Begrenzung nicht mehr ausreichten, um die Fischerei nachhaltig auszurichten, sondern durch eine Einschränkung der Fischereiaktivitäten ergänzt werden mussten. Die Bundesregierung unterstützt dieses Instrument unter zwei Voraussetzungen:
Das dritte Standbein der Ressourcenbewirtschaftung sind die technischen Erhaltungsmaßnahmen, die dazu dienen, den Fischnachwuchs zu schonen und den Beifang unerwünschter Arten (auch den von Meeressäugern) zu verhindern oder doch zumindest zu minimieren. Im wesentlichen handelt es sich dabei um Vorschriften zur Gestaltung der Fanggeräte (wie Anzahl, Art und Größe der Netzmaschenöffnungen), Vorschriften zu Art und Größe der Fischereifahrzeuge und ihrer Motoren, Fang- und Anlandevorschriften (wie Mindestgröße der Fische), Einschränkung oder Verbot der Fischerei zu bestimmten Zeiten und schließlich Einrichtung von Schutzzonen, in denen der Fang bestimmter oder aller Fischarten ganzjährig oder zu bestimmten Zeiten eingeschränkt oder untersagt ist.
Um den Fischnachwuchs wirkungsvoller zu schützen, strebt die Bundesregierung, zwei zusätzliche Maßnahmen an, nämlich die vorübergehende kurzfristige Schließung von Gebieten und die Verpflichtung zum Fangplatzwechsel bei zu hohem Jungfischbeifang. Weitere Ziele sind u.a. die Verringerung der Rückwürfe sowie die Einschränkung und letztlich die völlige Einstellung der Industriefischerei.
Wichtig ist, dass die zuvor beschriebenen Bewirtschaftungsmaßnahmen auch überwacht und durchgesetzt werden. Deshalb ist eine effiziente Fischereikontrolle unerlässlich, und zwar sowohl auf See durch Schiffe und Satelliten, wie auch im Hafen bei der Anlandung durch Inspektoren. Die Bundesregierung bemüht sich trotz knapper Haushaltsmittel um eine Verstärkung der Kontrolle durch Zusammenarbeit mit anderen Mitgliedstaaten und mit der Europäischen Kommission, der im Rahmen der GFP-Reform stärkere Befugnisse eingeräumt wurden.